E ainda subsidiar o estabelecimento de sistemas de mosaicos de áreas protegidas, associando, às unidades de conservação, corredores ecológicos que garantam sua conectividade e o fluxo gênico da biodiversidade. Para atingir esses objetivos, o DAP desenvolve programas e estratégias relacionados à criação, uso público e sustentabilidade financeira das unidades de conservação (UC), apóia projetos tais como Sítios do Patrimônio da UNESCO, GEF Indígena e Revitalização do Rio São Francisco, além de coordenar, na qualidade de secretaria-executiva, as atividades da Comissão Brasileira do Programa MAB – Homem e a Biosfera, da UNESCO – COBRAMAB.
Está sob sua responsabilidade manter o Cadastro Nacional de Unidades de Conservação com a colaboração do Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade e dos órgãos estaduais e municipais competentes, disponibilizando dessa forma informações sobre características físicas, biológicas, turísticas e gerenciais das UC (Art. 50, Lei 9.985/2000).
No DAP estão inseridos o Projeto Corredores Ecológicos, que atualmente prioriza a implementação do Corredor Central da Amazônia (CCA) e do Corredor Central da Mata Atlântica (CCMA), e o Programa Áreas Protegidas da Amazônia – ARPA, criado para expandir, consolidar e manter uma parcela significativa do SNUC no Bioma Amazônia.