Sanepar mantém desde 1997 o Centro de Educação Ambiental Mananciais da Serra, em Piraquara, para promover atividades de educação ambiental e formar uma nova consciência ambiental, voltada para a conservação e preservação do meio ambiente.
O Programa Nacional de Desenvolvimento da Pesca Amadora – PNDPA, que tem o objetivo de transformar a atividade de pesca amadora em instrumento de desenvolvimento econômico, social e de conservação ambiental.
O Projeto Mamíferos Marinhos do sul foi criado em 1988 com objetivo de Proteger os Mamíferos Marinhos e seus ecossistemas no Litoral Sul do Brasil através de ações em Pesquisa, Monitoramento e Educação Ambiental.
No ano de 1998 o Centro Peixe-Boi/IBAMA recebeu status de Centro Nacional de Pesquisa, Conservação e Manejo de Mamíferos Aquáticos ou Centro Mamíferos Aquáticos/IBAMA (Portaria IBAMA Nº 143-N, de 22.10.1998) e o Projeto Peixe-Boi/IBAMA passou a ser um projeto executivo deste Centro.
O Instituto Baleia Jubarte foi criado em abril de 1996- que tem por objetivo alavancar o desenvolvimento das atividades de pesquisa do Projeto Baleia Jubarte.
O Projeto Golfinho Rotator (desenvolvido pelo Parque Nacional Marinho de Fernando de Noronha e pelo Instituto Pró -Noronha) atua, desde 1990, no monitoramento científico e contínuo do Stenella lonfiastriz.
Este projeto de pesquisa teve origem na identificação da necessidade de incorporar o planejamento rural para conservação das onças, na maioria das regiões do Brasil.
Podendo medir cerca de 18 metros de comprimento e pesar mais de 60 toneladas, as baleias francas austrais (Eubalaena australis) foram uma das espécies de baleia mais abundantes em águas brasileiras