A Teoria dos Refúgios explica a grande biodiversidade existente na Floresta Amazônica.Teria acontecido na era cenozóica (no período quaternário) caracterizada por instabilidades climáticas (seco e frio). Foi neste período que surgiu o homem. De acordo com a teoria, a Floresta Amazônica foi fragmentada formando pequenos depósitos em áreas de maior pluviosidade (quantidade de chuvas), intercalados por um tipo de vegetação de cerrado. Por ser dividida em pequenos refúgios de diferentes vegetações e clima, houve alta concentração de processos evolutivos diferentes.
Nas fases interglaciais, o clima tornava-se úmido favorecendo maior contato entre os diferentes tipos de ambientes e populações crescidas nos refúgios. As mudanças climáticas foram constantes, aumentando o desenvolvimento de novas espécies endêmicas (espécies localizadas e particulares daquela região).
As áreas dominadas por cerrado recebiam as populações crescidas em refúgios, conferindo maior contato entre diversas populações. Isto explica a diferença de concentração de populações endêmicas em certas áreas da floresta amazônica.
No Pleistoceno (período caracterizado pela presença de mamíferos e de pássaros gigantes) , a Floresta Amazônica foi inundada por um grande lago Amazonas (neste período a vazão do rio Amazonas teria sido interrompida pelas Cordilheiras dos Andes, por esta razão foi chamado de lago). Separou-se assim, a vegetação oriental-norte e oriental-sul, contribuindo para maior divergência da biodiversidade.
Houve uma regressão do lago, impulsionando a distribuição da flora na Amazônia central e novamente em períodos interglaciais, transgressões marítimas (avanço do mar sobre o continente) ocorreram inundando grandes áreas que isolariam as vegetações sul e norte do rio Amazonas.
Isso explicaria a concentração da riqueza da fauna e flora e fortalece as suposições de que a floresta haveria expandido e regredido contribuindo com a variação de espécies pertencentes a um mesmo gênero.
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