Já foram identificadas 152 espécies de peixes nativos da bacia. Entre as espécies nativas mais importantes nos rios e lagoas naturais da bacia destacam-se as migradoras, curimatã-pacu (Prochilodus marggravii), dourado (Salminus brasiliensis), surubim (Pseudoplatystoma corruscans), matrinxã (Brycon lundii), mandi-amarelo (Pimelodus maculatus), mandi-açu (Duopalatinus emarginatus), pirá (Conostome conirostris) e piau-verdadeiro (Leporinus elongatus).
O rio Araguaia, entre Aruanã e Luiz Alves, recebe anualmente cerca de 18.000 pescadores amadores. As principais espécies capturadas pela pesca amadora são pacu-caranha, matrinxã, pirarucu, piau-cabeça-gorda, piau-flamengo, pacu-manteiga, pacu-prata, sardinha, corvina, traíra entre os peixes de escama
Um dos papéis mais importantes do guia de pesca, até como garantia de sobrevivência do seu emprego, é manter e conservar seu ambiente de trabalho, ou seja, o meio ambiente. Não há hotel pesqueiro nem emprego que sobrevive sem que o meio ambiente esteja em condições adequadas para o desenvolvimento das várias espécies de peixes.
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