A partir da divisa do Rio de Janeiro com São Paulo começa o trecho Sudeste-Sul, com 10 sub-bacias: rios Ribeira do Iguape, Itajaí, Mampituba, Jacui, Taquari, Jaguarão e a bacia do arroio Chuí, incluindo a lagoa dos Patos e a lagoa Mirim, no Rio Grande do Sul.
