Conservar uma caverna é manter suas características próprias inalteradas, de modo a modificar o menos possível o ambiente.
Uma caverna não é um simples túnel escavado entre rochas, vazio e escuro. Seu ambiente, assim como suas formas de vida e a própria formação dos espeleotemas estão intimamente ligados ao meio externo que a circunda. Por isso, qualquer alteração na superfície reflete diretamente no mundo subterrâneo.
A poluição das águas, por exemplo, nociva em qualquer circunstância, tem efeitos muito danosos quando elas percorrem o interior de uma caverna. Um rio poluído pode comprometer toda a manifestação biológica. Não é admissível que dejetos industriais, minerais ou domésticos, sejam lançados em cursos de água que venham se tornar subterrâneos.
O desmatamento, além de descaracterizar o contorno regional, poderá também influir de maneira direta sobre a caverna, pois a destruição do revestimento vegetal poderá dar início a desmoronamentos e deslizamentos de terra, que irão de uma forma ou de outra interceptar ou desviar o leito original do rio na caverna.
Da mesma maneira, as atividades ligadas à utilização direta do espaço interior podem, se feitas de forma inadequada, descaracterizar o meio cavernícola e prejudicar o seu frágil equilíbrio ecológico.
A visitação ocasional, feita por turistas e religiosos, é uma atividade que tem despertado um interesse cada vez maior.
Na verdade, as cavernas sempre tiveram lugar de destaque na imaginação e crendice popular. Talvez isso possa ser atribuído aos aspectos bizarros e misteriosos das ornamentações e a ausência total de luz nos salões e galerias.
No Brasil inteiro são ouvidas estórias de desaparecimento de pessoas e de manifestações sobrenaturais e divinas no interior de cavernas. Os próprios nomes dados a grande número de cavernas demonstram esses fatos: Caverna das Fadas, Caverna do Diabo, Buraco do Inferno, Gruta Sinistra, Lapa do Bom Jesus etc.
Existem cavernas institucionalizadas pelo uso como verdadeiros templos, locais de peregrinação e romaria. Na Europa, as grutas de Lourdes e de Fátima são talvez os melhores exemplos do caso. No Brasil, a Lapa do Bom Jesus, a Gruta dos Brejões (BA) e a Terra-Ronca (GO) são polarizadoras de festas religiosas, trazendo toda uma população regional que monta ali suas barracas de sapé, celebra missas, realiza casamentos, batizados e faz promessas, deixando no local grande quantidade de devotos.
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