A poluição pelo despejo de esgotos e efluentes industriais não-tratados é particularmente grave nas sub-bacias dos rios Itajaí e Guaíba – nas cidades de Joinville (SC), da Grande Porto Alegre e Pelotas (RS), além dos vales dos Sinos e do Gravataí.
Com uma paisagem originalmente marcada por florestas, mescladas de campos interiores e formações litorâneas, a Região Sul teve sua área bastante modificada pela agricultura intensiva.
