Desvantagens

A agricultura convencional prioriza a monocultura e grandes extensões de plantações, causando desequilíbrios ecológicos graves, abusando do uso de insumos e agrotóxicos, causando degradação do solo e dos recursos hídricos, e desmatamentos. Além disso, emprega pouca mão de obra, pois utiliza muito maquinário.
Os sistemas agroecológicos de produção são, portanto, conservadores dos recursos naturais renováveis e econômico no uso de recursos naturais não renováveis como o petróleo, potássio, fósforo, e outros elementos. Esses fatores contribuem para que o balanço energético seja positivo, ao contrário do que ocorre na agricultura convencional.